1990年以来，在《会计研究》公开发表论文20余篇，近期代表性论文：
1. 冯巧根, 2016, 论管理会计的价值观体系, 会计之友, 第1期
2. 冯巧根, 2016, 对管理会计变迁管理的认识与思考, 会计之友, 第2期
3. 冯巧根, 2016, 管理会计视角的全面绩效管理, 会计之友, 第3期
4. 冯巧根, 2016, 论管理会计的工具理性, 会计之友, 第4期
5. 冯巧根, 2016, 论管理会计的“中国特色”, 会计之友, 第5期
6. 冯巧根, 2016, 中国情境特征的管理会计案例研究, 会计之友, 第6期
7. 冯巧根, 2016, 供给侧改革与管理会计创新, 会计之友, 第7期
8. 冯巧根, 2016, 管理会计研究方法的变迁管理, 会计之友, 第8期
9. 冯巧根, 2016, 预算管理的功能扩展与创新实践, 会计之友, 第9期
10. 冯巧根, 2016, 管理会计理论基础的扩展应用, 会计之友, 第10期
11. 冯巧根 王志, 2016, 中国における环境管理手法の现状と展望, 企业会计（日）, 第8期
12. 冯巧根, 2016, 基于智能制造的管理会计创新, 会计之友, 第11期
13. 冯巧根, 2016, 权变性管理会计：创新驱动的战略选择, 会计之友, 第12期
14. 冯巧根, 2016, 基于管理会计的战略控制研究, 会计之友, 第13期
15. 冯巧根, 2016, 经济新常态下的管理会计发展思路, 中国会计报, 2016年3月18日第8版
16. 冯巧根, 2016, 论管理会计范式的形成规律, 云南财经大学学报, 第1期
17. 冯巧根, 2016, TPP情境下的管理会计对策研究, 财经理论与实践, 第6期
18. 冯巧根, 2016, TPP下的企业利益影响与会计权益维护研究, 会计研究, 第8期
19. 冯巧根, 2015, 关于推进中国特色管理会计的思考, 财务与会计, 第22期
20. 冯巧根, 2015, 管理会计的框架结构——情境特征的管理过程, 会计之友, 第20期
21. 冯巧根, 2015, 论管理会计与相关学科之间的关系, 会计之友, 第21期
22. 冯巧根, 2015, 管理会计应对环境不确定性的再思考, 会计之友, 第22期
23. 冯巧根, 2015, 基于管理会计的经营模式创新, 会计之友, 第23期
24. 冯巧根, 2015, 基于管理会计决策的互联网营销博弈, 会计之友, 第24期
25. 冯巧根, 2015, 管理会计的应用价值, 财会文摘（人大复印资料）, 第3期
26. 徐玲、冯巧根，2015, 财务柔性政策选择与研发投资——基于创业板上市公司的研究, 当代财经, 第9期
27. 冯巧根, 2015, 管理会计的变迁管理与创新探索,, 会计研究, 第10期
28. 冯巧根, 2015, 管理会计的变迁管理与创新探索, 会计研究, 第10期
29. 赵燕，冯巧根, 2014, 社会责任理念与现金股利承诺制——基于A股上市公司的实证分析, 经济与管理研究, 第5期
30. 冯巧根, 2014, 组织文化、环境不确定性与管理会计信息认知, 财经理论与实践, 第6期
31. 冯巧根, 2014, 管理会计相关性及其思考, 财会通讯, 第7期
32. 冯巧根, 2014, 管理会计的理论基础与研究范式, , 第32期
33. 徐玲 冯巧根, 2014, 民营企业社会责任履行的“规则——行为走廊”与政策选择机理, 华东经济管理, 第8期
34. 冯巧根, 2014, 行为动机、环境不确定性与管理会计控制系统, 中南财经政法大学学报, 第5期
35. 冯巧根, 2014, 论高水平管理会计的本土研究, 云南财经大学学报, 第4期
36. 冯巧根, 2014, 基于环境不确定性的管理会计对策研究,, 会计研究, 第9期
37. 冯巧根, 2014, 基于环境不确定性的管理会计对策研究, 会计研究, 第9期
38. 胡丹 冯巧根, 2013, 信息环境、审计质量与IPO抑价——以A股2009-2011年上市公司为例, 会计研究, 第2期
39. 冯巧根 冯圆, 2013, 企业文化与环境经营价值体系的构建, 会计研究, 第8期
40. 冯巧根, 2011, 从KD纸业公司看企业环境成本管理, 会计研究, 第10期
