近十年来主持并完成的课题：
1. 冯巧根, 在研, 基于成本博弈的产业集群内企业碳减排行为, 江苏省社科应用研究精品工程课题
2. 冯巧根, 在研, TPP对我国企业利益的影响及会计对策研究, 国家社科基金
3. 冯巧根, 在研, 企业群的成本管理模式及优化研究, 日本文部科学省科学研究课题
4. 冯巧根, 2015-2016, 经济新常态下管理会计的变迁管理研究, 南京大学中央高校基本科研业务费
5. 冯巧根, 2007-2014, 民营企业社会责任履行的路径创新与制度博弈研究, 国家社科基金, 编号:2014-0166
6. 冯巧根, 2007-2012, 江浙区域企业排污权控制的成本管理及区域协调研究, 教育部一般课题
7. 冯巧根, 2005-2009, 反倾销应诉中的会计权益失衡与制度博弈研究, 教育部人文社科重点基金课题
8. 冯巧根, 2009-2010, 太湖流域排污权治理的成本管理与利益协调研究, 江苏省软课题
9. 冯巧根, 2015（5）-2015（12）, 低碳经济下产业集聚对企业环境经营影响研究, 江苏省软科学重点课题
